Виджеты находятся в Боковой панели, Sidebar. В общий шаблон она выводится через переменную {$sidebar}.
Чтобы изменить ее внешний вид, следует скопировать шаблон /gears/sidebar/templates/sidebar.tpl в папку /templates/текущий_дизайн/gears/sidebar/templates/sidebar.tpl (недостающие папки воссоздать), после чего можете выставить свой код, который будет выводить виджеты нужным вам образом. Таким же образом можно переопределить css-стили шестеренки sidebar.

Понятно. А ещё вопрос, добавил шестерёнку новости, но на главной выводится только блок, а разделы нет. Что с этим делать?

C этим вопросом к автору шестеренки. Возможно, надо в админке активировать виджет на боковой панели.

Уже активировал. Но это не спасает. Ладно, спрошу у автора. А ещё, это очень принципиально делать Header и Footer, нельзя в одном tpl файле всё разместить?

Это принципиально? Нам это важно в плане хуков было.